Ngoài nghiên cứu, Nguyễn Thanh Vân đã tích cực đóng góp cho toán học Việt Nam: Năm 1996, anh đã cùng với các đồng nghiệp Frédéric Pham (Nice), Jean-Pierre Ramis (Toulouse), Bernard Malgrange (Grenoble), Hà Huy Khoái và Đinh Dũng (Hà Nội) khởi xướng chương trình Formath Vietnam[3], với mục tiêu bắc cầu giữa các nhà toán học Pháp và Việt Nam, giúp đỡ các nhà toán học trẻ Việt Nam. Formath Vietnam đã được Trung tâm Nghiên cứu Khoa học Pháp (CNRS) tích cực hỗ trợ dưới hình thức tài trợ cho nhiều Dự án hợp tác quốc tế PICS-CNRS (Projet International de Coopération Scientifique), lần lượt do các đại học Nice, Toulouse, rồi Paris 13 làm đầu tàu. Chương trình này từ năm 2011 được chuyển thành một LIA, tức Phòng thí nghiệm liên kết quốc tế (Laboratoire International Asssocié), thuộc CNRS, đặt tại Đại học Paris 13[4].

Các công trình toán học của ông được một đồng nghiệp, GS Christer O. Kiselman giới thiệu trong bài viết Les Mathématiques de Nguyen Thanh Van, đăng trên tạp chí Annales de la Faculté des sciences de Toulouse, XX, n° spéciale 2011, p. 19-32. Đây chính là Kỷ yếu của Hội nghị vinh danh Nguyễn Thanh Vân năm anh 65 tuổi (2008). Bài viết cũng liệt kê một danh sách 27 luận án của các nhà toán học Việt Nam được tiến hành và bảo vệ ở Pháp dưới sự bảo trợ của Formath. từ năm thành lập (1996) tới 2010. Nhiều người trong số những tiến sĩ này đã thành danh trong làng Toán.

Tác giả của nhiều bài nghiên cứu trong các tạp chí toán quốc tế, Nguyễn Thanh Vân cũng đã viết một cuốn sách toán bằng tiếng Việt với Tiến sĩ Nguyễn Văn Đông, một đồng nghiệp ở Tp. Hồ Chí Minh, cuốn Giải tích phức cho sinh viên đại học.